Na sequência da recente reorganização administrativa do território das Freguesias aprovada pela Assembleia da República (Lei 56/2012, de 08 de novembro e Lei 11-A/2013, de 28 de janeiro), foi criada a nova Freguesia de Nossa Senhora da Conceição e São Bartolomeu, resultado da agregação das Freguesias de Conceição e de S. Bartolomeu, município de Vila Viçosa.
Historicamente a Freguesia de Nossa Senhora da Conceição nasce como Matriz ou “mãe” municipal, já que reuniu os habitantes locais da vila primitiva que viviam dentro da fortaleza medieval em torno da ermida de Nossa Senhora do Castelo. Foi o primeiro foral de 5 de Junho de 1270, no reinado de D. Afonso III, que deu expressão ao anseio municipalista e consolidou o crescimento de Vila Viçosa.
A freguesia de Nossa Senhora da Conceição enraizou o seu orago devocional cristão na Mãe Celeste e, mais tarde, a 25 de Março de 1646, o rei D. João IV natural de Vila Viçosa, fez aclamar pelos três estados da Nação portuguesa (clero, nobreza e povo) a Virgem como Rainha de Portugal. Desde aí, os nossos reis abdicaram da exposição icónica do principal símbolo da realeza: em Portugal, a coroa não mais foi ostentada na cabeça do monarca.
No início do século XV o condutor vitorioso da Guerra de Independência contra Castela, D. Nuno Álvares Pereira, doou o senhorio de Vila Viçosa ao seu genro, D. Afonso, cabeça fundadora da Casa de Bragança que aqui se sediou como a mais poderosa linhagem da aristocracia portuguesa. A devoção à Imaculada Conceição e a mesma imagem que ainda hoje se venera no Solar da Padroeira devem-se, segundo a tradição, ao próprio Condestável.
A Freguesia de S. Bartolomeu terá surgido a meio do século XIV, algures entre os reinados de D. Afonso IV e D. Pedro I quando a natural expansão da urbe primitiva, extravasando os limites do Castelo, se ampliou até chegar ao que hoje se designa como a Praça da República. Em 1560 o Duque de Bragança, D. Teodósio I, mandou demolir uma pequena ermida gótica situada no vasto terreno que veio ser aquela Praça para, em sua substituição, erigir outra igreja de maior vulto e determinando-se fazê-la cabeça da Freguesia de São Bartolomeu. À Colegiada de Ourém, entretanto instalada, se deveria atribuir a condução pastoral dos novos munícipes.
Saiu todavia frustrado o novo templo que não chegou a erguer-se e a sede paroquial passou transitoriamente para a Igreja de S. Sebastião e depois, desde 1568, para a Igreja do Espírito Santo ou da Misericórdia, entretanto fundada sob o patrocínio da Casa de Bragança. Finalmente, a Paróquia instalou-se na Igreja de S. João Evangelista em 19 de Fevereiro de 1865, templo já levantado desde 1636 para receber os jesuítas e o seu labor educativo os quais, em edifício contíguo, haviam fundado o Colégio Novo, depois de se verificar acanhado o Colégio Velho sediado no solar nobre de João Gomes Vieira a meio da Rua dos Fidalgos (1601).
Vila Viçosa foi ocupada sucessivamente pelos romanos e muçulmanos. É conquistada para o reino de Portugal em 1217, durante o reinado de D. Afonso II. Em 1270 recebe foral de D. Afonso III, vendo o seu nome mudado de Vale Viçoso para Vila Viçosa. O foral é bastante idêntico ao de Monsaraz, Estremoz e Santarém, atribuindo grandes regalias a Vila Viçosa. No século XIV, D. Dinis manda erigir o Castelo de Vila Viçosa.
Na Crise de 1383-1385, o comendador-mor da Ordem de Avis, Vasco Porcalho, traiu e, tomando o partido de Castela, apossou-se de Vila Viçosa com duzentos e cinquenta homens seus e duzentos castelhanos, o que obrigou a população a fugir para Borba . Um ano e alguns meses depois, na debandada geral que se seguiu à batalha de Aljubarrota, Vasco Porcalho e a sua hoste abandonaram quer a vila quer o castelo. Em 1461 Vila Viçosa passou a fazer parte do Ducado de Bragança. Em 1500, Jaime I de Bragança foi convidado a regressar à corte por D. Manuel I, sendo-lhe restituídos os títulos e as terras do ducado. Em 1502 com o início da construção do Paço Ducal de Vila Viçosa, Vila Viçosa tornou-se a sede do Ducado de Bragança. Em 1512, Vila Viçosa recebe o foral de D. Manuel I.
Durante o domínio filipino, Vila Viçosa, era sede da maior corte ducal da Península Ibérica. Em 1640, um grupo de conspiradores convenceu o então João II, Duque de Bragança a aceitar o trono de Portugal, tornando-se a 1 de Dezembro de 1640, D. João IV (1640-1656) dando início à Dinastia de Bragança. A partir desta data, Vila Viçosa, perdeu fulgor e tornou-se na residência real de férias. Em 1646, João IV de Portugal ofereceu a coroa de Portugal a Nossa Senhora da Conceição como agradecimento pela boa campanha da Guerra da Restauração, tornando-se Nossa Senhora da Conceição, Rainha e Padroeira de Portugal. A partir desta data, mais nenhum Rei de Portugal usou a coroa.
Em 1755, Vila Viçosa foi fortemente abalada pelo Terramoto de 1755. No início do século XIX, Vila Viçosa foi saqueada durante as Invasões Francesas.
Com a Proclamação da República a 5 de Outubro de 1910, Vila Viçosa caiu em decadência, devido ao objectivo dos republicanos em apagar todos os vestígios da monarquia. Contudo, na década de 1930, com a exploração dos mármores (Mármore de Estremoz) e abertura do Paço Ducal de Vila Viçosa para turismo, Vila Viçosa começou a modificar-se até aos dias de hoje. Actualmente, como acontece com muitas cidades alentejanas, sua população encontra-se em diminuição, cujo principal factor responsável é a emigração para outras regiões de Portugal ou mesmo do estrangeiro.